A Magyar Nemzeti Múzeum Régészeti örökségvédelmi Igazgatóság (MNM-RÖG) vezetője a Magyar Nemzeti Múzeum régészei örökségvédelmi főigazgató-helyettese, 1995 és 2018 között a Herman Ottó Múzeum régésze, 2010- és 2017 között annak igazgatója.

Vezetésével folytak többek közt 1995 és 2002 között Mohi középkori mezőváros feltárásai, a keleméri Mohosvár, egy klasszikus 13. századi nemesi vár régészeti kutatása, valamint a gönci pálos kolostor és a Miskolc-nemzetség temetkezőhelye, a tapolcai bencés apátság régészeti kutatásai.

2007-ben részt vett a bükkábrányi 8 millió éves mocsári ciprusok megmentésében, majd azt követően a Pannon-tenger múzeumlétrehozásában. 2014-ben az ő kurátorsága mellett a Herman Ottó Múzeumban készült „Elit alakulat”- A Kárpát-medence leggazdagabb honfoglalás-kori temetői-c. kiállítás elnyerte az Év kiállítása címet.  Szakmai szervezetek javaslatára a Miniszterelnökség 2018. március 15.-e alkalmából Pusztai Tamás régésznek a magyarországi középkori régészet megújításában játszott kiemelkedő szerepéért, a miskolci Hermann Ottó Múzeum országos jelentőségű tudományos műhellyé fejlesztéséért, nemzetközi kapcsolatainak kiépítéséért, az ifjú kutatók támogatásáért, a tudományos közéletben és a szakmai érdekképviseletben végzett tevékenységéért „A Régészeti örökségért – Schönvisner István-díjat” adományozta.

Tagja Magyar Régész Szövetségnek és az Ásatási Bizottságnak.

Az Archaeológiai Értesítő szerkesztő bizottsági tagja.

Bővebben ld. https://mnm.hu/hu/szervezeti-felepites-0